У меня в свое время аналогичный вопрос возник по более материалистическому поводу: еще до появления человека сотни миллионов лет на земле жили звероящеры, которые занимались лишь тем, что сношались, да пожирали друг друга. Сотни миллионов лет хищничества и звериных инстинктов! Это было от Бога? Бог управлял всем этим? А если не от Него, то по чьей воле?
Считается, что Бог - Творец этого мира. Но Евангелие от Иоанна говорит: не любите мира, ни того, что в мире. И говорит о князе мира сего. И о Царстве не от мира сего. А если Царство не от мира, то от чего (от кого) этот мир?
И вот все это невольно подталкивало меня к переосмыслению многого, в том числе и того, как Ветхий Завет изображает Бога.
Ну, про сотни миллионов лет.... эволюция идёт быстрее. Я думаю, проблема со способом определения дат. После найденных фигурок, где доили и спали вместе с (домашние животные) - маленькими динозавриками, как-то даты немножко приближаются друг к другу.
Второе... Бог - самый великий, который - он не правитель по мелочам. Если есть любовь и послушание Ему - там он Духом Святым, если нету - ну, на нет и суда нет. Тогда свободная воля твари. Любой - телесной, бестелесной.
Иначе просто и не создать возможности прийти к Богу ненасильственно. И вот, все эти времена, Приходит творение к своему Творцу, или, точнее, Творец к своему творению, и забирает постепенно творение с собой.
Только не надо жаловаться, что слишком много творения гибнет или погибнет - вспомним Серафима - нужно стяжать дух мирен, т.е. - в направлении к Богу, или Божий. И тогда увидим, как много спасается.