Велика заслуга о. Иоанна в проповеди на Руси святоотеческого умного делания. О. Иоанн писал, что "видение Бога есть непременное условие к молитве. Необходимо, чтобы Лицо, к Которому обращаются, было бы увидено прежде, чем к Нему держать речь". Здесь святой утверждает христианских подвижников на той мысли, что без реальности видения Творца всяческих Бога очами своими духовными или телесными, человек не может получить практического дара различения духов, а посему продолжает духовно слепотствовать, и не может спастись. Это весьма актуально для нашего времени, когда всяческие суесловы, занимающие место богословов, пытаются отговорить православных верующих под страхом повреждения от прелести духовной даже от самого умного делания.
Мы имеем свидетельства, что сам о. Иоанн сподоблялся видения духовных сил, как низкого, так и высокого порядка. Упоминаемая выше игумения Таисия однажды стояла вместе с о. Иоанном возле Николаевского моста на Неве и возле них прошла похоронная процессия. Святой сказал игумении, что он видел в процессии бесов, радовавшихся о погибели души пьяницы. 15 августа 1898 г. в день Успения Пресвятой Богородицы о. Иоанн впервые в жизни сподобился видения Богоматери и слышал Ее блаженный глас, назвавший его "милейшим чадом Отца Небесного". Видение было во сне и продолжалось около одной минуты.
Так как при молитве и начатках умного делания новоначальные страдают от наводимого на них диаволом рассеяния мысли, то святой подает практический совет, как преодолеть это препятствие. Он пишет, что в молитве "есть грех рассеянности, которому мы все сильно подвержены; не надо его забывать, а каяться в нем; мы предаемся рассеянности не только дома, но и в церкви. С твердостью сердечною выговаривайте слова молитвы, когда совершаешь молитвенное правило, особенно по книге, не спеши от слова к слову, не прочувствовавши его истины, не положивши его на сердце, но сделай и постоянно делай себе труд чувствовать сердцем истину того, что говоришь. У многих причетников, бегло читающих, образуется совершенно ложная молитва: устами они будто молятся, по всему кажутся как будто благочестивыми, а сердце их спит и не знает, что уста говорят. Это происходит от того, что они торопятся и не размышляют сердцем о том, что говорят. Молиться с поспешностью, не вредя своей молитве, можно тем, которые научились внутренней молитве чистым сердцем. (Посему) ожидай, пока каждое слово отдастся в сердце собственным отголоском. Хорошо иногда на молитве сказать несколько своих слов, дышащих горячею верою и любовью ко Господу. Да не все чужими словами беседовать с Богом, не все быть детьми в вере и надежде, а надо показать свой ум, отрыгнуть от сердца и свое слово благое, притом же к чужим словам как-то привыкаем и хладеем. И как приятен бывает Господу этот наш собственный лепет, исходящий прямо от верующего и благодарного сердца".
Из своего духовного опыта святой открывает нам одно откровение: "Старайся дойти до младенческой простоты в обращении с людьми и в молитве к Богу. Простота - величайшее благо и достоинство человека. Бог совершенно прост, потому что совершенно духовен, совершенно благ. И твоя душа пусть не двоится на добро и зло". Повествуя о собственном умном делании молитвы Иисусовой, о. Иоанн пишет: "Имея в своем сердце Христа, бойся, как бы не потерять Его, с Ним и покоя сердечного: горько начинать снова; усилия прилепиться к Нему снова по отпадении будут тяжки и многим будут стоить горьких слез. Держись всеми силами за Христа, приобретай Его и не теряй святого дерзновения пред Ним. Христос, введенный в сердце верою, восседает в нем миром и радостью. Все беды мои происходят в невидимой моей мысли и в невидимом сердце моем; потому и невидимый же нужен мне и Спаситель, ведущий сердца наша. Когда замечаешь, что сердце твое холодно и молится неохотно - остановись, согрей свое сердце каким-нибудь живым представлением - например, своего окаянства, своей духовной бедности, нищеты и слепоты, или представлением великих ежеминутных благодеяний Божиих к тебе и к роду человеческому, особенно же к христианам, и потом молись не торопясь с теплым чувством; если и не успеешь прочитать всех молитв ко времени, беды нет, а пользы от теплой и неспешной молитвы несравненно больше, чем если бы ты прочитал все молитвы, но грешно, без сочувствия. "Хощу 5 словес умом моим глаголати, нежели тьмы языком". Но очень хорошо было бы, если бы мы могли с должным сочувствием сказать на молитве и тьмы словес. Господь не оставляет трудящихся для Него и долго предстоящих Ему, в ню же меру они меряют, возмеривает и Он, и соответственно обилию истинных слов молитвы, посылает в душу обилие света, теплоты духовной, мира, радости. Хорошо продолжительно и непрестанно молиться, но не все вмещают словес сего, но имже дано есть могий вместити, да вместит. Не могущим вмещать продолжительной молитвы, лучше творить молитвы краткие, но с горячей душой. Нужно постоянно обращаться к Господу, и быть с Ним каждую минуту, чтобы не овладело нами вражие озлобление и уныние. Враг духом уныния многих погнал с тесного и спасительного пути на широкий и гладкий, но гибельный путь. На молитве будь как дитя лепечущее, сливаясь в один дух с духом произносимой молитвы. Считай себя за ничто, молитвы принимай, как великий дар Божий. Молись без сомнения, в простоте сердца: как мыслить легко, так и молиться должно быть легко. Молитва есть дыхание души, как воздух - дыхание естественное тела. Дышим Духом Святым. Ни одного слова молитвы не можешь сказать от всего сердца без Духа Святого. Молясь, усты к устом с Господом беседуешь, и если имеешь открытые верою и любовью сердечные уста, в то же время как бы вдыхаешь из Него произносимые духовные блага Духом Святым. Учитесь молиться, принуждайте себя к молитве, сначала будет трудно, а потом, чем более будете принуждаться, тем будет легче, но сначала нужно всегда принуждать себя. Когда молишься Богу, взирай сердечными очами внутрь себя, на душу свою, Господь там, в мыслях твоих и в движениях сердца твоего правых, как и вне тебя и на всяком месте. Нечувствие сердцем истины слов на молитве происходит от сердечного неверия и нечувствия своей греховности, а это в свою очередь проистекает от тайного чувства гордости. По мере чувств своих на молитве человек узнает горд он или смирен: чем чувствительнее, пламеннее молитва, тем он смиреннее, чем бесчувственнее, тем гордее. Хорошо молиться от чистого сердца, но коль скоро нет соответствия молитвы с силами, обстоятельствами, местом и временем, с предшествовавшим трудом, то она будет уже не добродетель".
Все сии поучения о. Иоанна о молитве направлены к новоначальным, ибо речь тут идет о молитве словесной, Богомыслии и лишь о начатках молитвы умной и сердечной. Однако сам святой в совершенстве владел даром непрестанной сердечной молитвы, о чем свидетельствует Валаамский иеромонах Никандр: "Воистину у о. Иоанна цвело лицо от благодати Божией, от непрестанной сердечной молитвы. О. Иоанн во время освящения Св. Даров углублялся всецело во внутреннюю сердечную молитву, лицо его дивно приятно преображалось, яркий румянец покрывал его, видно было, что он не замечает окружающих и даже замедлял возгласом по службе. Молитва глубокая, пламенная привлекала его к Богу".
Московский судья Петр Павлович Ястребов также свидетельствовал, что во время совершения литургии верных при священнической молитве в алтаре о. Иоанна посещали духовные видения. В это время святой, казалось, весь куда-то уходил, беседовал с Богом, Которого ясно видел пред собою на престоле, никого не замечал в это время из окружающих. Момент видения ему Бога всегда совпадал со священническим возгласом и в это время о. Иоанн всегда спешил к престолу. В такой момент бывало, что протяжное пение певчих мешало ему сосредоточиться и он подгонял их, а всю службу отправлял очень скоро, что производило на молящихся потрясающее впечатление.
