Действительно как то нечётко обозначен вопрос о том что молитва происходит как бы в другом измерении...НЕ в теле
Наверно, лучше сказать словами ап. Павла: "В теле или не в теле, Бог весть" (должна происходить). Нельзя сказать, что молитва происходит совсем уж вне тела, тело является для молитвы храмом. Но и в теле нельзя сказать совсем определенно, так как тело тогда становится больше себя самого
ГДЕ возникают помыслы...наверное зависит от того ушёл ли ум из головы в сердце...к примеру у меня ВСЕ помыслы приходят в голову 
....а в груди возникают желания, движения души в общем...
"Из сердца бо исходят помышления злая" (Мф. 15,19), то есть, по-видимому из левой части груди, а потом не чувствительно для человека достигают головы. Этот процесс, имхо, нельзя прервать собственными усилиями, нельзя прервать, но можно проконтролировать. То есть самому, сознательно (разумно) переносить помыслы (все, что тебя беспокоит) из сердечной области в область головы, а потом с молитвой Иисусовой движением ума повергать все это перед Лицом Владыки, опускаясь с ней в верхнюю середину груди, там где должен быть сердечный вход. И ждать, когда Он откроет и очистит все. Так совершается Великий Вход на литургии, только там приносятся Дары, а здесь наши немощи и прошения. Но они вменяются нам как Дары, когда мы их приносим добровольно, сознавая свое бессилие самостоятельно справиться с напором помыслов
Например, так. Это только один из способов, далеко не единственный и, возможно, не всем подходящий
